コナンは服部平次らと共に、剣道大会のため北海道・函館を訪れる。
そこで彼らは、新選組副長・土方歳三にまつわる日本刀を狙う怪盗キッドを目撃する。
そんな中、函館倉庫街ではある遺体が見つかる。